L'idée est que ce ne sont pas les "pré-paquets" qui gèrent les dépendances mais le "convertisseur de pré-paquet en paquet".
Typiquement, le pré-paquet peut être du XML :
<pre-paquet>
<meta>
<equipe>
<developpeur>Truc</developpeur>
<developpeur>Machin</developpeur>
<graphiste>Truc</graphiste>
</equipe>
<site>http://</site>
[...]
</meta>
<options>
<compil_option exclus="gtk">qt</compil_option>
<compil_option exclus="qt">gtk</compil_option>
<exec_option>bonjour</exec_option>
</options>
<compil>
[Script bash ou lien vers le script, on peut imaginer que le meta-paquet est dans l'archive des sources]
<option id="bonjour">[idem avec la partie "bonjour" en sus]</option>
[Bout de script commun]
<option id="qt">[idem]</option>
<option id="gtk">[idem]</option>
[Autre bout de script...]
</compil>
</pre-paquet>
Le dit "convertisseur" compile avec les options que le mainteneur de la distribution a choisi.
Une fois compilé, il examine les liaisons des binaires créés et puisque la distribution a bien fait son outil de conversion, il repère dans quels paquets se trouvent ces bibliothèques et établit les dépendances, et les dépendances "optionnelles" cités par l'auteur dans le fichier. (si ce que tu appelles dépendances optionnelles sont celles qui ne sont proposées par le programme que si celles-ci sont disponibles)
C'est une idée à développer, je donne simplement l'embrillon que la discussion m'a inspiré.