Si tu veux écrire plusieurs array dans le même fichier, il ne faudra pas utiliser la solution du "return" dans le fichier générer et du :
$mon_array = include();
dans ton script de récupération
il faudra écrire plusieurs $array puis inclure ce fichier.
$codePHP = "<?php\n";
$codePHP .= "\$nomArray1 = ".var_export($nomArray1, true).";\n";
file_put_contents("fichier_php.php", $codePHP);
// .....
$codePHP .= "\n\$nomArray2 = ".var_export($nomArray2, true).";\n";
file_put_contents("fichier_php.php", $codePHP, FILE_APPEND);
Puis pour récupérer
include "fichier_php.php";
var_dump($nomArray1);
Tu trouveras tout ça dans la doc ;-)