Je ne connais pas tout les outils que tu as listé mais j'utilise rsync et unison assez régulièrement pour la synchro et les backups.
J'ai une préférence pour "unison" qui permet une synchronisation dans les 2 sens.
Je l'utilise sur 2 serveurs Debian pour synchroniser le dossier /home (les profils itinérants) via VPN/SSH. Je ne connais pas l'interface GTK mais la configuration en console reste assez simple. Un petit "cron" te permettra de synchroniser à intervalle régulier (ou en lançant la commande "unison" pour une synchronisation ponctuelle).